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表观水平
MeDIP测序

MeDIP-seq:利用MeDIP技术富集甲基化的DNA片段,再利用大规模测序技术测序。研究者可以较小的数据量,快速高通量地发现靶基因组上的甲基 化区域。应用领域:DNA甲基化研究; 比较不同细胞、组织、疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异;DMRs(甲基化差异区域)的研究。



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MeDIP测序

        MeDIP-seq:利用MeDIP技术富集甲基化的DNA片段,再利用大规模测序技术测序。研究者可以较小的数据量,快速高通量地发现靶基因组上的甲基 化区域。应用领域:DNA甲基化研究; 比较不同细胞、组织、疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异;DMRs(甲基化差异区域)的研究。


应用领域

样本间DNA甲基化修饰差异分析

大样本量疾病研究



技术路线

MedIP.jpg

 

分析内容

1. 标准信息分析

对测序结果进行base calling、raw data 数据整理及数据质量评估

2. 高级信息分析

   a)  MeDIP-seq序列与参考序列的对比

   b)  MeDIP-seq序列数据在全基因的分布趋势

   c)  统计MeDIP-seq序列富集区域(peak)的信息

   d)  基于Peak的多样品间差异分析

   e)  可结合客户的需求,协商确定个性化信息分析内容


样品要求

样品需求量:总量≥5μg,浓度≥50ng/μL;

样品完整性:DNA无明显降解,需提供凝胶电泳检测胶图


项目周期

完成时间:单个样品标准流程(上图)的运转周期约为55个工作日。遇样品数较多时,项目周期根据项目规模而定。

完成标准:产生不少于合同的clean data