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表观水平
CHIP测序

染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是指对染色质免疫共沉淀(ChIP)即使用抗体中和特定的蛋白,富集特异性交联的DNA-蛋白质复合体,然后将寡核苷酸接头与特异性蛋白结合的DNA延伸拼接,进而对染色质免疫共沉淀获得的微量DNA片断进行海量平行测序。CHIP测序与低分辨率的Chip芯片技术不同,ChIP-Seq经一次测序就准确地进行全基因组的关联分析,实现了全基因组范围内更精确、更敏感、更经济的定位目标蛋白所有的结合位点。可以解决芯片固定数量的阵列特征或候选序列的问题,自由阐释结合事件。



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CHIP测序

        染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是指对染色质免疫共沉淀(ChIP)即使用抗体中和特定的蛋白,富集特异性交联的DNA-蛋白质复合体,然后将寡核苷酸接头与特异性蛋白结合的DNA延伸拼接,进而对染色质免疫共沉淀获得的微量DNA片断进行海量平行测序。

CHIP测序与低分辨率的Chip芯片技术不同,ChIP-Seq经一次测序就准确地进行全基因组的关联分析,实现了全基因组范围内更精确、更敏感、更经济的定位目标蛋白所有的结合位点。可以解决芯片固定数量的阵列特征或候选序列的问题,自由阐释结合事件。


应用领域

判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型

精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点

组蛋白共价修饰与基因表达的关系的研究

转录因子结合位点和功能研究


技术路线

CHIP.jpg

 

分析内容

1. 标准信息分析

对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列;统计结果包括:测定的序列(Reads)长度、 Reads 数量、数据产量

2. 高级信息分析

a)ChIP-Seq 序列与参考序列比对;

b)Peak calling :统计样品 Peak 信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数);

c)统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;

d) 给出每个样品 Peak 关联基因列表及 GO 功能注释;

e)对序列进行Motif分析;

f)在多个样品间,对Peak进行差异分析;

g)在多个样品间,对与 Peak 关联基因做差异分析;


样品要求

DNA样品需求量:总量≥ 10 ng

注:请提供DNA打断时的检测胶图,要求打断后的DNA电泳主带在100-500bp范围内,建议在250bp左右。