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RNA水平
Lnc RNA测序

长链非编码RNA(long non-coding RNA, LncRNA)是近年来引起广泛关注的一种具有独特的调控功能的非编码RNA。LncRNA的长度在200nt以上,不编码蛋白,物种间保守性较差,有的 序列结构与mRNA相似(含有polyA尾,存在可变剪切),有的则无这些特征。目前的研究对LncRNA的产生和功能机制尚未有明确的认识,但已有多种 具有重要生物功能(如癌症发生、X染色体沉默以及与其他调控因子作用构成复杂调控网络等)的LncRNA被发现。



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Lnc RNA测序

Lnc RNA测序

        长链非编码RNA(long non-coding RNA, LncRNA)是近年来引起广泛关注的一种具有独特的调控功能的非编码RNA。LncRNA的长度在200nt以上,不编码蛋白,物种间保守性较差,有的 序列结构与mRNA相似(含有polyA尾,存在可变剪切),有的则无这些特征。目前的研究对LncRNA的产生和功能机制尚未有明确的认识,但已有多种 具有重要生物功能(如癌症发生、X染色体沉默以及与其他调控因子作用构成复杂调控网络等)的LncRNA被发现。

        集采园使用高通量测序的方法,可以在样品totalRNA中大量、快速的筛选lncRNA,并对其进行注释与功能预测。


应用领域

新lncRNA找寻与预测

疾病研究

调控网络研究



技术路线

lncRNA.jpg

 

 

分析内容

1. 标准信息分析

  a)   测序数据评估;数据比对统计,测序饱和度分析,测序随机性的统计分析,Reads在参考基因上的分布分析

  b)   已知 lnc RNA的识别与注释

  c)   Novel LncRNA的转录本重构与预测

  d)   Lnc RNA 家族分析

  e)   Lnc RNA 表达量的统计

2. 高级信息分析

  a)   lnc RNA 位置分类(Intergentic lncRNA,Intronic lncRNA,Cis-antisense lncRNA)

  b)   候选lnc RNA的保守性分析

  c)   贯穿分析(需同一样品的不同水平数据,如跟sRNA测序结果关联。可参考miRNA-TF-gene network分析方案, 或者miRNA-LncRNA关联分析)

  d)   候选基因分析(某种表达模式基因或者非编码基因,或者转录因子,需指定)

  e)   定制图表(可按老师提供的参考文献或者要求制作)

  f)    定制个性化分析(老师提供方案或者参考文献)


样品要求

样品类型:(人、鼠、恒河猴)除去核糖体后(方法1)或再除去含poly-A尾后(方法2)的总RNA(已去除蛋白与DNA)

样品需求:

A类:总RNA≥10 μg(浓度≥300 ng/μl,纯度:OD260/280 =1.8~2.2;OD260/230 ≥2.0;RIN ≥ 7.0,28S:18S ≥1.0)

B类:总RNA为5~10 μg(浓度≥300 ng/μl,纯度:OD260/280 =1.8~2.2;OD260/230 ≥2.0;RIN ≥ 7.0,28S:18S ≥1.0)