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RNA水平
转录组测序

转录组是指某个物种特定细胞或组织在某一状态下所转录出来产生的所有转录本的集合。转录组为生命可续研究提供了全新的角度,可用于预测基因结构、可变剪切 和其他转录修饰、并可定量测定每个转录本在生长过程中和不同的条件下的表达水平的变化。通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或者器 官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。



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转录组测序

转录组测序

        转录组是指某个物种特定细胞或组织在某一状态下所转录出来产生的所有转录本的集合。转录组为生命可续研究提供了全新的角度,可用于预测基因结构、可变剪切 和其他转录修饰、并可定量测定每个转录本在生长过程中和不同的条件下的表达水平的变化。通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或者器 官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。


应用领域

样本全转录本信息获取

基因注释及筛选

基因结构分析



技术路线

转录组.jpg

 

信息分析

1. 标准信息分析


无参考基因组的转录组分析(de novo)   
有参考基因组的转录组分析(with reference)

基本数据处理 图像识别,碱基识别,测序接头序列过滤,样品污染可能性检测(QC)   
图像识别,碱基识别,测序接头序列过滤,样品污染可能性检测(QC)

测序数据产量统计,数据成分和质量评估   
Reads在基因组上的分布

Unigene的长度分布,GO分类,功能注释,代谢通路分析,表达差异分析   
测序深度分布,测序随机性评估,基因差异表达分析

差异表达的Unigene的GO和KEGG pathway富集分析   
新基因预测,基因可变剪接鉴定,基因融合鉴定

2. 高级信息分析

  a)  Unigene组装及数据库注释结果统计

  b)  Unigene比对物种分布图

  c)  Unigene CDS与近缘模式生物同源基因CDS比较分布图

  d)  Unigene蛋白结构域分析

  e)  SNP及差异SNP分析(两个以上的遗传背景)

  f)   SSR(包含引物设计)及差异SSR分析(两个以上的遗传背景)

  g)  同源基因受选择压力(ka/ks)分析(不同遗传背景的亚种或物种)

  h)  物种进化关系分析(需提供多个物种或者亚种)

  i)   可变剪切分析(有参考基因组的模式生物)

  j)   融合基因分析(有参考基因组的模式生物)

  k)  长链非编码RNA(LncRNA)预测(有参考基因组的模式生物)

  l)   差异表达基因的聚类和热图分析(基因集可定制)

  m)  基因表达的主成分分析(寻找主效基因的统计方法)

  n)   基因差异表达的的趋势分析及显著趋势的基因模块的GO,KEGG富集分析(需多个样品)

  o)   基因互作网络分析(构建基因网络,寻找节点基因)

  p)   贯穿分析(需同一样品的不同水平数据,如跟sRNA测序结果关联)

  q)   根据客户需求可进行个性化分析,协商确定分析内容


样品要求

样品需求:动物样品,总量≥10μg,浓度≥ 150 ng/μl;植物、真菌样品,总量≥20μg,浓度≥ 250 ng/μl;原核生物,总量≥5ug,浓度≥65 ng/μl;

样品纯度:动物样品, RIN ≥7,28S/18S≥1.0;植物、真菌样品,RIN ≥6.5, OD260/280≥1.8,28S/18S≥1.0;原核生物, RIN ≥7, 23S/16S≥1.0, OD260/280≥1.8;

样品请置于1.5 ml管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml带盖离心管,干冰运输。