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DNA水平
微生物Meta测序

微生物Meta测序



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微生物Meta测序

        16S rDNA序列(在所有物种中高度保守)是最常用的细菌分类标准,通过提取环境样品的DNA,并扩增其中16S rDNA基因;通过检测16S rDNA 序列的变异和丰度,反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S rDNA 有9个高变区,V6,V3,V4 区可以用来鉴定绝大多数细菌,基于Illumina HiSeq 2000平台的16S rDNA测序可以将V6,V3,V4区正反向读通,提供环境样本物种分类,物种丰度,种群结构,系统进化,群落比较等诸多信息,在微生物分类鉴定,微生态 研究方等面起到重要作用。


应用领域

环境微生物分类、丰度分析

环境微生物群体基因集构建



技术路线

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分析内容


1. 标准信息分析

去除低质量,污染,引物序列,将PE reads拼接成Tag 等。


2. 高级信息分析

   a)  对unique tags 聚OTU,并进行物种注释

   b)  单样品复杂度的Alpha diversity分析

   c)  物种(或OTU)丰度分析

注:可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析服务内容。


样品要求

样品类型:PCR扩增产物;

样品需求量:小片段文库,≥ 4 μg(浓度≥30 ng/μl;纯度OD260/280=1.8~2.0);

总样品量需根据实验策略,如建库类型及建库数量而定;