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DNA水平
简化基因组测序

简化基因组测序服务包含两种类型建库测序策略,分别为RAD(restriction association site DNA)测序和GBS(genotyping by sequencing),两种方法各有优势。前者可以通过对测序数据进行拼接来提高获得更长的序列信息,从而引用SSR标记开发、引物设计等。而后者由于 简化了建库的步骤,是一种性价比更高的基于测序进行基因分型的策略。



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简化基因组测序

        简化基因组测序服务包含两种类型建库测序策略,分别为RAD(restriction association site DNA)测序和GBS(genotyping by sequencing),两种方法各有优势。前者可以通过对测序数据进行拼接来提高获得更长的序列信息,从而引用SSR标记开发、引物设计等。而后者由于 简化了建库的步骤,是一种性价比更高的基于测序进行基因分型的策略。


应用领域

遗传图谱构建及QTL定位

群体遗传学分析

局部组装及新分子标记开发



技术路线

简化基因组.jpg


分析内容

1. 标准信息分析

   a)  测序数据基本分析

   b)  个体RAD/GBS tag聚类及统计

   c)  群体RAD/GBS tag 聚类

   d) SNP及Indel检测

2. 高级信息分析

   a)  饱和度分析

   b)  Contigs组装(利用Paire-end read 的read2)

   c)  利用Contigs检测SNP,Indel及SSR,并进行PCR引物设计

   d)  群体变异频率统计(为后续大群体验证挑选标记提供参考)

   e)  群体进化树分析

   f)   群体结构分析(利用Structure软件分析群体间的可能基因交流)

   g)  群体主成分分析(分析群体聚类关系)

   h)  遗传图谱构建及QTL分析

   i )  遗传图谱整合(需提供同一作图群体原图谱数据)


样品要求

1. 样品类型:DNA 样品;无降解或轻微降解;无污染。

2. 样品需求量(单次):每次样品制备需要1ug 样品,如果需要多次制备样品,则需要样品总量=制备样品次数*1 ug;

3. 样品浓度:≥25 ng/μl,推荐浓度为100~200 ng/μl;

4. 推荐样本大小:子代个体数≥ 100;